Die Flughafen Neubrandenburg-Trollenhagen GmbH unterliegt seit dem 1. September 2021 der FSAAKV (Flugsicherungs- An- und Abflugkostenverordnung).

Als Flugsicherungsdiensteanbieter - AFIS mit RMZ – gilt der Gebührenbereich 2 der FSAAKV. Im Auftrag des Bundesaufsichtsamtes für Flugsicherung (BAF) wird eine entsprechende Flugsicherungsgebühr (FSG) für zertifizierte Fluginformationen, Alarmdienst und Flugverkehrskontrollfreigaben erhoben. Ab dem 1. Januar 2022 beträgt der Gebührensatz für eine Inanspruchnahme durch ein Luftfahrzeug EUR 218,05. Im Gegenzug entfällt die IFR-approach-service Gebühr.

Um den Schulflugverkehr und die kleine, allgemeine Luftfahrt zu fördern, wird auf die Erhebung der FSG für Luftfahrzeuge unter 2 Tonnen sowie für Staatsluftfahrzeuge verzichtet.